Alors que les soins de santé deviennent de plus en plus numérisés, les scientifiques, les médecins et les chercheurs doivent essayer de déchiffrer des quantités sans précédent de données pour personnaliser adéquatement les soins. L’excès d’informations dont disposent ces experts dépasse souvent leur capacité à les consommer et à les analyser. AmazoneL’unité cloud de s’est efforcée de combler cet écart.
Amazon Web Services a récemment lancé la disponibilité générale d’Amazon Omics, qui aide les chercheurs à stocker et à analyser des données omiques telles que des séquences d’ADN, d’ARN et de protéines. Le service fournit aux clients l’infrastructure sous-jacente dont ils ont besoin pour donner un sens à de grandes quantités de données afin qu’ils puissent passer plus de temps à faire de nouvelles découvertes scientifiques.
AWS génère une part substantielle des revenus d’Amazon, générant 20,5 milliards de dollars au troisième trimestre. L’activité de cloud computing s’est développée dans les soins de santé, et bien qu’AWS ne divulgue pas les projections de revenus pour des services particuliers, la taille du marché mondial de l’analyse des données génomiques devrait atteindre 2,15 milliards de dollars d’ici 2030, selon un rapport de Straits Research.
Le Dr Taha Kass-Hout, médecin-chef chez AWS, a déclaré que la grande majorité des données sur les soins de santé sont de nature non structurée, ce qui signifie qu’environ 97 % d’entre elles ne sont pas utilisées. Indexer et donner un sens à ces informations est un défi, en particulier lorsque les chercheurs collectent des données omiques auprès de dizaines de milliers de patients.
Avant son passage chez Amazon, Kass-Hout a servi deux mandats sous le président Barack Obama et a été le premier directeur de l’information sur la santé à la Food and Drug Administration des États-Unis.
Le séquençage d’un génome humain peut nécessiter entre 80 et 150 gigaoctets de stockage, a déclaré Kass-Hout, et certains projets de recherche traitent de pétaoctets et d’exaoctets d’informations génomiques.
“Vous parlez de près de neuf Harry Potter si vous voulez l’imprimer sur une imprimante”, a déclaré Kass-Hout à CNBC. “Et c’est juste pour un être humain.”
Amazon Omics aide les chercheurs à trier leurs données en leur fournissant trois composants qu’ils peuvent exploiter individuellement ou collectivement. Le stockage d’objets compatible Omics aide les chercheurs à stocker et à partager des données de séquence brutes ; Omics Workflows permet d’exécuter des workflows qui traitent les données de séquence brutes à grande échelle ; et Omics Analytics simplifie la sortie du traitement de séquence.
Plus d’une douzaine de clients et partenaires ont testé une version bêta du service et utilisent déjà Amazon Omics.
Pour Jeffrey Pennington, directeur de l’informatique de recherche au Children’s Hospital de Philadelphie, cela a déjà eu un impact notable.
Pennington travaille au département d’informatique biomédicale et de santé, qui utilise les données et la technologie pour résoudre les problèmes de santé infantile. Il a déclaré que le département avait passé cinq ans à étendre l’infrastructure pour analyser les données omiques, et maintenant ce n’est plus quelque chose dont ils ont besoin pour se construire ou se maintenir.
“Nous sommes un grand centre médical universitaire pédiatrique, mais nous ne sommes pas encore assez grands pour apprendre et construire tout ce qui est nécessaire pour utiliser de manière productive les données omiques”, a déclaré Pennington. “Notre temps et notre énergie, nos efforts, nos moyens financiers sont bien mieux dépensés pour assembler le puzzle plutôt que de générer ces pièces en premier lieu.”
Amazon Omics encourage également la collaboration entre les grands groupes de recherche, les petits groupes cliniques et les sociétés de renseignement et pharmaceutiques, a déclaré Boris Oklander, co-fondateur et directeur de la technologie de C2i Genomics.
C2i est une société de biotechnologie qui travaille à utiliser les données génomiques pour développer des traitements personnalisés contre le cancer. Oklander a déclaré que la société avait participé à la version bêta d’Amazon Omics après avoir tenté de développer sa propre technologie d’analyse de données.
Il a déclaré qu’Amazon Omics a créé un écosystème de collaboration qui élimine le besoin pour les chercheurs de créer une technologie complexe à partir de zéro.
“Nous ne faisons que démocratiser”, a-t-il déclaré. “Ce type de service est quelque chose qui permet [us] pour débloquer la valeur des investissements que font différents acteurs dans cet espace.”
D’autres grandes entreprises technologiques ont développé des outils similaires. MicrosoftAzure, la plateforme de cloud computing d’Azure, a lancé Microsoft Genomics en 2018 pour aider les chercheurs à interpréter les données générées par les technologies génomiques. GoogleLa technologie Cloud Life Sciences de permet également aux chercheurs de traiter des données biomédicales à grande échelle.
Pennington a déclaré que le Broad Institute et DNAnexus offrent également des services d’analyse de données génomiques populaires, mais a déclaré qu’ils peuvent être difficiles à maintenir et peuvent analyser moins de types de données qu’Amazon Omics.
Compte tenu de la nature sensible et profondément personnelle des données omiques, Kass-Hout a déclaré que la protection de la vie privée et des données des patients était la « tâche zéro » pour AWS. Il a déclaré qu’AWS utilise plus de 300 services de sécurité, de conformité et de gouvernance et prend en charge 98 normes de sécurité et certifications de conformité. Ce faisant, AWS va « bien au-delà » de la conformité réglementaire, a déclaré Kass-Hout, et fournit également à ses clients des ressources et des outils de chiffrement sur les meilleures pratiques.
Les clients sont également responsables de la création d’applications sécurisées en plus des services d’Amazon Omics, ce qui empêche AWS de voir ou d’exploiter les données.
Kass-Hout a déclaré qu’en fin de compte, Amazon Omics sert de moyen d’indexer efficacement les informations afin que les chercheurs puissent se concentrer sur de réelles avancées en médecine de précision.
“Si la dernière décennie a été consacrée à la numérisation que l’industrie de la santé et des sciences de la vie a connue, je crois vraiment que la prochaine décennie consistera à donner un sens à ces données d’une manière actuelle [where] nous pouvons trouver de nouvelles thérapies, de nouveaux diagnostics, des thérapies plus ciblées », a-t-il déclaré.
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